國立自然科學博物館創館館長漢寶德先生在科博館成立後，期望將台灣第一座科學博物館帶上世界舞台，與國際接軌，尋找國內外的合作契機，以建立更宏觀的視野。遂於民國84年推動成立基金會，藉此作為科博館的後盾，在行政和經費上，協助館務擴增發展。承當時任台中市議會議長林仁德先生，邀請由鉅建設公司董事長林增連先生等13位熱心企業人士共同發起，於84年8月29日正式成立。
基金會成立後，致力於促進自然博物之蒐藏與研究，舉辦各類科學博物館相關展覽及教育活動，聯繫國內外相關機構之交流與合作，補助同仁出國考察學習。民國88年董事會改組，由借調自國立清華大學擔任科博館館長之李家維教授接任董事長，除了熱心之創會董事外，更積極延攬企業菁英與專業人士加入，提升本會的規模與活力，多年協助科博館辦理多項蒐藏、研究、展示與教育活動，獲致極佳的成效與評價。